百乐博股份有限公司下屬的技術中心，1998年被省經貿委認定為浙江省首批省級企業技術中心，2007年10月被國家發改委等五部委聯合授予國家級企業技術中心，2002年被國家人事部授予國家級博士後科研工作站，2012年12月百乐博企業研究院被浙江省人民政府列為重點企業研究院。技術力量雄厚，具有獨立承擔重大科研項目的研發能力。
公司目前是國內脂溶性維生素、抗耐藥抗生素、氟喹諾酮類抗生素產品的主要生產基地之一，在脂溶性維生素及製品、抗耐藥抗生素、氟喹諾酮類抗生素以及糖苷酶抑制劑類糖尿病藥物等研發、生產及市場開拓上具備一定的優勢，有較強的國際競爭力。
公司高度重視原創性研究和具有自主知識產權的技術創新，在維生素產品領域建立了綠色製造和活性成份的微囊化兩個技術平台，在藥品領域建立了藥物粉體工程學和藥物合成生物學兩個應用研究平台，已搭建起植物內生菌活性物質篩選、天然藥物活性成分篩選、「ME-BETTER」新藥篩選三個創新藥篩選平台。
近年來，為進一步加快新產品的研發和上市步伐，公司加強了與外部製藥公司和研發機構的合作。2012年，從台灣太景生物科技股份有限公司及太景生物醫藥研發（北京）有限公司獲得了創新藥無氟喹諾酮「蘋果酸奈諾沙星」在中國境內的專利獨佔許可，其口服與注射製劑分別於2016及2020年上市。2013年，與美國AMBRX Inc.簽署了《合作開發和許可協議》，雙方將合作研發並商業化Her2-ADC產品，該產品是運用革命性技術的新一代單抗偶聯物，用於治療HER2陽性晚期乳腺癌和胃癌等，屬於創新生物技術藥物。公司於2017年啟動ARX788單藥治療HER2陽性晚期乳腺癌的I期臨床研究，該臨床研究已達到研究終點，仍有部分受試者持續接受後續治療；2020年進入ARX788治療HER2陽性局部晚期或轉移性乳腺癌的II/III期臨床研究，該臨床研究正在復旦大學附屬腫瘤醫院等86家中心同時開展。公司於2019年啟動ARX788治療HER2陽性晚期轉移性胃癌及胃食管連接部腺癌患者的I期臨床研究，該臨床研究在中山大學腫瘤防治中心等5家臨床中心同時開展，目前該試驗已完成。2021年進入ARX788治療HER2陽性晚期轉移性胃癌及胃食管連接部腺癌的II/III期臨床研究，該臨床研究正在中山大學腫瘤防治中心等105家中心同時開展。
截至2022年12月，公司累計申請發明專利686項，授權有效發明專利296項，其中授權有效國際專利100項。
